Pfizer doing SARS-COV2 Gain of Function

Feniks

Fizikalc
16. dec 2021
242
72
28
Kakšno kontrolo si pogrešal (leta1954), kaj točno te moti. Povej en stavek v trdilni obliki.

En primer poznavanja virusov in stanje tehnike v tretjem tisočletju.

Kitajsko cepivo Sinovac, ki je bilo narejeno po klasičnem postopku in je klasično inaktivirano cepivo. Izoliran virus so kitajci razmožili v celicah, in to v takih količinah, da ga izolirajo in pripravijo inaktivirano cepivo.

Si zadovoljen s to izolacijo in razmoževanjem virusa, je tudi to zarota, .... ali sicer napisano drži, ampak ....

Povej, kaj te moti.

"As an inactivated vaccine like the Sinopharm BIBP vaccine and Covaxin, CoronaVac uses a more traditional technology that is similar to the inactivated polio vaccine. Initially, a sample of SARS-CoV-2 from China was used to grow large quantities of the virus using vero cells. From then on, the viruses are soaked in beta-propiolactone, which deactivates them by binding to their genes, while leaving other viral particles intact. The resulting inactivated viruses are then mixed with the adjuvant aluminium hydroxide."


Težko odgovoriti na vprašanja in gremo po metodi "odgovarjam z vprašanji"?

Moti me to, da v samih postopkih "izolacije" ni narejena kontrola. In bi rad videl, da mi nekdo pokaže kje je bilo to narejeno. Jaz nisem našel. Pametnejši od mene tudi ne.

Pri izolaciji virusov se uporabi vzorec (karkoli že to je) in se doda v pripravljeno brozgo sestavljeno iz gostiteljskih celic plus še par zadev. Ender je za to brozgo uporabil ledvične celice, drugi uporabljajo (so uporabili?) piščančje zarodke, morda tudi kaj drugega, kolostrum (zakaj za boga svetega), šibko hranilno raztopino za celice, antibiotike, ...
Obstaja poskus, kjer so naredili samo postopek s to brozgo, brez dodajanja vzorca ali pa je bil vzorec samo recimo nevtralna fiziološka? Ker temu se reče kontrolni vzorec.
 
  • Haha
Reactions: jest5
19. jul 2007
3.011
1.747
113
Jaz sem povsem resen:
a) preden gojijo SARS-CoV-2 virus ga analizirajo s PCR, da potrdijo, da je pravi
b) dejanski virus prenesejo (strain CN2) in gojijo v vero celicah, vejetno tudi naredijo par pasaž, da dobijo veliko količine virusa
c) virus izolirajo in očistijo s ionsko-izmenjevalno kromatografijo (IEC) in velikostno izključitveno kromatografijo (SEC)
c) ko je virus nagojen in očiščen, ga preverijo s PCR (testiranje genetske stabilnosti) in to vedno znova (vsaka serija)

Še enkrat, če ti uspe nagojiti virus, je to najlepša potrditev da virus je (npr. če ti ne uste nagojiti virusa, to še ni potrditev, da virusa nikoli ni bilo). Če ti uspe gojiti virus na industrijski skali, je to še toliko boljša potrditev.

To, da prejemniki Sinovac cepiva tvorijo protitelesa proti SARS-CoV-2 spike proteinu je indirektna potrditev obstoja virusa.

Še enkrat, kakšno kontrolo bi ti rad.
 
  • Všeč mi je
Reactions: jest5
19. jul 2007
3.011
1.747
113
https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.106634

Preštudiraj in povej, katero kontrolo pogrešaš :).
 

Feniks

Fizikalc
16. dec 2021
242
72
28
Jaz sem povsem resen:
a) preden gojijo SARS-CoV-2 virus ga analizirajo s PCR, da potrdijo, da je pravi
b) dejanski virus prenesejo (strain CN2) in gojijo v vero celicah, vejetno tudi naredijo par pasaž, da dobijo veliko količine virusa
c) virus izolirajo in očistijo s ionsko-izmenjevalno kromatografijo (IEC) in velikostno izključitveno kromatografijo (SEC)
c) ko je virus nagojen in očiščen, ga preverijo s PCR (testiranje genetske stabilnosti) in to vedno znova (vsaka serija)

Še enkrat, če ti uspe nagojiti virus, je to najlepša potrditev da virus je (npr. če ti ne uste nagojiti virusa, to še ni potrditev, da virusa nikoli ni bilo). Če ti uspe gojiti virus na industrijski skali, je to še toliko boljša potrditev.

To, da prejemniki Sinovac cepiva tvorijo protitelesa proti SARS-CoV-2 spike proteinu je indirektna potrditev obstoja virusa.

Še enkrat, kakšno kontrolo bi ti rad.

Krožna logika, ki jo opisuješ pravi da nisi resen. Ali pa ne veš kaj pomeni biti resen. Brez zamere.

Da s PCR lahko dokažeš virus (mimogrede, Mullis pravi da tega ne moreš naredit na tak način), moraš najprej virus DOKAZANO izolirat in osamit (da dobiš čisti vzorec snovi, ki jo iščeš v naključnem vzorcu). Mene zanima ta dokaz, ta pa vključuje kontrolni vzorec.

Mimogrede za mimoidoče; PCR lahko dokaže samo to, da je v vzorcu določena beljakovina, ki se jo išče. V osnovi je bil narejen kot metoda za produkcijo večje količine iste snovi, za laboratorijske raziskave.
 
  • Haha
Reactions: jest5
19. jul 2007
3.011
1.747
113
moraš najprej virus DOKAZANO izolirat in osamit (da dobiš čisti vzorec snovi, ki jo iščeš v naključnem vzorcu). Mene zanima ta dokaz, ta pa vključuje kontrolni vzorec.

- virus so izolirali (strain CN2), da so ga lahko uporabili za gojenje v vero celicah
- virus so izolirali v velikah količinah, da so ga uporabili za pripravo cepitva

PS: Za slikce lahko pogledaš tukaj
 

Feniks

Fizikalc
16. dec 2021
242
72
28
https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.106634

Preštudiraj in povej, katero kontrolo pogrešaš :).

V redu, torej se greva izčrpavanje. Ker te jemljem (in sem te vedno jemal) kot razumnega in opreativno sposobnega človeka to, da ne rezumeš kaj prav zaprav želim ni opcija. Ali pač?!

"For the establishment of a SARS-CoV-2 freezer stock, 700 µL of a positive SARS-CoV-2 sample (confirmed positive by RT-PCR with a cycle threshold [Ct] <25) was transferred to a 25 cm2 culture flask with VERO E6 cells."


Od kje je prišl dokazano čist vzorec na podlagi katerega so določili PCR? Še enkrat, zanima me papir kjer je opisana metoda izolacije, ki vključuje kontrolni vzorec. Ne da v papirju piše, da so dobili vzorec, ki so ga preverili s PCR (če sem kje zgrešil kontrolo, se bom pustil popraviti. bom pa tole prebral še enkrat ko bom imel malenkost več časa). Mene zanima začetek te vrste.
Sem videl tudi tvoj zadnji odgovor, kjer samo ponavljaš isto kot do sedaj. Kar pa ni odgovor na moje vprašanje.
 
19. jul 2007
3.011
1.747
113
V redu, torej se greva izčrpavanje. Ker te jemljem (in sem te vedno jemal) kot razumnega in opreativno sposobnega človeka to, da ne rezumeš kaj prav zaprav želim ni opcija. Ali pač?!

"For the establishment of a SARS-CoV-2 freezer stock, 700 µL of a positive SARS-CoV-2 sample (confirmed positive by RT-PCR with a cycle threshold [Ct] <25) was transferred to a 25 cm2 culture flask with VERO E6 cells."


Od kje je prišl dokazano čist vzorec na podlagi katerega so določili PCR? Še enkrat, zanima me papir kjer je opisana metoda izolacije, ki vključuje kontrolni vzorec. Ne da v papirju piše, da so dobili vzorec, ki so ga preverili s PCR (če sem kje zgrešil kontrolo, se bom pustil popraviti. bom pa tole prebral še enkrat ko bom imel malenkost več časa). Mene zanima začetek te vrste.
Sem videl tudi tvoj zadnji odgovor, kjer samo ponavljaš isto kot do sedaj. Kar pa ni odgovor na moje vprašanje.

Od kje je prišl dokazano čist vzorec na podlagi katerega so določili PCR?
Pacient

dokazano čist vzorec
Kaj je čisto pri bioloških vzorcih je itak stvar definicije, že samo če kot čist definiraš "suh vzorec", se pravi brez vode, lahko samo rečem "good luck with that" (pa v nekaterih strokah, je brezvodni vzorec standard)
Realno gledano, je čist SARS-CoV-2 vzorec, ki je pravi. in tisti, ki ne vsebuje drugih virusov. In to se preverja na več načinov (multiplex PCR, ....) Niti ene stvari ni, ki bi dala vsaj slutnjo da je to problem.

Npr. ljudje, ki delajo s celičnimi linijami, imajo protokole precej razdelane, kako nedvoumno potrditi, da je celićna linija prava (čista) (je pa tudi resnici na ljubo priznati, da je (včasih/pri nekaterih) dejansko bilo poleg nazivnega, še mnogokaj drugega prisotnege), tako da je to vseeno relevantno vprašanje.

ki so ga preverili s PCR (če sem kje zgrešil kontrolo
PCR, ko ga pižgeš, in preden greš delat, itak imaš negativno in pozitivno kontrolo (tega niti ponavadi najvajo, ker je itak vključena, posredno je itak navedena ko se sklicujejo na proizajalca oziroma v skladu s katerimi smernicami so delali). Zagotovo je bil narejeno pomnoževanje s slepim vzorcem (osnovni protokol dela s PCR).

Še enkrat, kateri kontrolni vzorec pogrešaš.

In še enkrat, ko so gojili virus v celicah, vedno (morajo) preveriti genetsko stabilnost. Tudi če je bil originalen vzorec kontaminiran s (vstavi poljubno) in tega ni bilo v končni produkciji, je za diskusijo ali je virus bil v pacientovem specimenu in ali si uspel gojiiti virus nepombno.

Ja, virus je bil prisoten in ja, uspel si namnožiti virus (in točno tega o čemur se pogovrajmo in si ga analizral s PCR)
 
  • Všeč mi je
Reactions: jest5 in mosseero

Feniks

Fizikalc
16. dec 2021
242
72
28
Od kje je prišl dokazano čist vzorec na podlagi katerega so določili PCR?
Pacient

dokazano čist vzorec
Kaj je čisto pri bioloških vzorcih je itak stvar definicije, že samo če kot čist definiraš "suh vzorec", se pravi brez vode, lahko samo rečem "good luck with that" (pa v nekaterih strokah, je brezvodni vzorec standard)
Realno gledano, je čist SARS-CoV-2 vzorec, ki je pravi. in tisti, ki ne vsebuje drugih virusov. In to se preverja na več načinov (multiplex PCR, ....) Niti ene stvari ni, ki bi dala vsaj slutnjo da je to problem.

Npr. ljudje, ki delajo s celičnimi linijami, imajo protokole precej razdelane, kako nedvoumno potrditi, da je celićna linija prava (čista) (je pa tudi resnici na ljubo priznati, da je (včasih/pri nekaterih) dejansko bilo poleg nazivnega, še mnogokaj drugega prisotnege), tako da je to vseeno relevantno vprašanje.

ki so ga preverili s PCR (če sem kje zgrešil kontrolo
PCR, ko ga pižgeš, in preden greš delat, itak imaš negativno in pozitivno kontrolo (tega niti ponavadi najvajo, ker je itak vključena, posredno je itak navedena ko se sklicujejo na proizajalca oziroma v skladu s katerimi smernicami so delali). Zagotovo je bil narejeno pomnoževanje s slepim vzorcem (osnovni protokol dela s PCR).

Še enkrat, kateri kontrolni vzorec pogrešaš.

In še enkrat, ko so gojili virus v celicah, vedno (morajo) preveriti genetsko stabilnost. Tudi če je bil originalen vzorec kontaminiran s (vstavi poljubno) in tega ni bilo v končni produkciji, je za diskusijo ali je virus bil v pacientovem specimenu in ali si uspel gojiiti virus nepombno.

Ja, virus je bil prisoten in ja, uspel si namnožiti virus (in točno tega o čemur se pogovrajmo in si ga analizral s PCR)

Hvala za izčrpen odgovor (in neuporaben za namene tele debate) .

Včeraj sem bil (no ja, danes tudi) pod rahlim časovnim pritiskom. Sem šele popoldne ugotvovil da:
a) smo tole razpravo že imeli nekaj časa naza, žal z (več ali manj) istim potekom in rezultatom, vsaj do sedaj; se mi celo zdi, da si tudi takrat lepil točno to isto raziskavo (ki z mojim vprašanjem nima popolnoma nič)
b) sem (priznam) vprašanje zastavil lahko bi rekli malo pomanjkljivo; čeprav sem pričakoval, da je iz konteksta jasno kaj želim.

Ampak, če se gremo izogibanja konkretnim odgovorom, potem ja vprašanje ni bilo jasno. Sem bom tokrat malo bolj potrudil. Čeprav, če privzamemo, da imamo čist vzorec virusa in je naloga samo množitev tega, potem je papir,ki ga lepiš popolnoma ustrezen. In naloga definitivno ne potrebuje kontrolnega poskusa.

Torej vprašanje:
Ali kje obstaja objava/naloga/raziskava (recimo temu kakorkoli že hočemo) o izolaciji neznanega virusa iz vzorca (ne omejujem se na kovid; katerikoli vzorec in katerikoli neznani virus) z jasnim opisom metodologije in uporabljenih materialov, VKLJUČNO z uporabo kontrolnega vzorca, v katerem preverjeno ni virusov (recimo fiziološka raztopina)? Kontrolni vzorec bi moral biti uporabljen po enakem postopku in na enakem materialu kot vzorec, ki predvidoma vsebuje virus(e). Temu je kontrola v osnovi namenjena.

Da se razumemo; jaz verjamem, da so laboratorijski postopki in materiali dodelani v nulo. Za izpopolnjevanje laboratoriskih postopkov, materialov in opreme ste imeli več kot sto let časa in ne dvomim, da tukaj vse štima.
To kar jaz dvomim (po do sedaj prebranem) je, da v primeru virologije osnove niso bile (recimo temu) najbolj upoštevane. Kot sem že rekel večkrat - vesel bom dokaza za nasprotno. Jaz ga do sedaj nisem našel, pametnejši od mene (katere jaz spremljam) tudi ne. Lahko pa zavajajo, nič ne rečem. Zato pa še iščem. Da bi pa sam prebral vsako objavo na temo virusov pa ni najmanjše šanse. Časovno ne gre. Znanje je tudi tam nekje zadaj, ampak tu se da pomagati, pri času pa žal ne.
 
  • Haha
Reactions: mosseero in jest5

Feniks

Fizikalc
16. dec 2021
242
72
28
Dobro, smejkota sem dočakal, papirja pa ne. Saj ne da sem resno pričakoval, da ga bom ...

Vseeno sem pričakoval še malo ovikarjenja. No ja, dan je še mlad, laborant pa tudi še ni rekel zadnje, ali pač ...
 
  • Haha
Reactions: jest5

mosseero

fizik´alc
3. sep 2007
20.937
12.253
113
kod Džej-Zija
Step-by-Step Procedure to Isolate an Unknown Virus

1. Sample Collection

• Collect specimens from infected individuals or environments (e.g., blood, saliva, tissue, soil, water).
• Use sterile containers and maintain cold chain protocols to preserve viral integrity.


2. Filtration and Pre-Treatment

• Pass the sample through membrane filters (typically 0.22 µm) to remove bacteria and larger particles A.
• Treat with antibiotics to eliminate any residual bacterial contamination.


3. Cultivation of Host Cells

• Prepare a culture of susceptible host cells (e.g., human epithelial cells, animal cells, or bacterial lawns for bacteriophages).
• Grow cells in vitro (e.g., Petri dishes, flasks) under controlled conditions A.


4. Inoculation

• Introduce the filtered sample into the host cell culture.
• Incubate under optimal conditions for viral replication (temperature, CO₂ levels, nutrients).


5. Observation of Cytopathic Effects (CPE)

• Monitor the host cells for signs of viral infection:• Cell lysis
• Syncytia formation (fusion of cells)
• Inclusion bodies
• Changes in cell morphology B



6. Harvesting Viral Particles

• Once CPE is observed, collect the supernatant containing viral particles.
• Use differential centrifugation to separate viruses from cell debris C.


7. Purification

• Apply density gradient centrifugation (e.g., sucrose or cesium chloride gradient) to isolate pure viral particles C.
• Extract the concentrated viral band using a pipette.


8. Quantification and Assay

• Determine viral titer using:• Plaque assays (for lytic viruses)
• TCID₅₀ (Tissue Culture Infective Dose)
• Electron microscopy with latex bead comparison C



9. Identification

• Use molecular techniques:• PCR or RT-PCR for viral genome detection
• Sequencing to identify unknown viral species
• ELISA or immunofluorescence for viral proteins
 

Feniks

Fizikalc
16. dec 2021
242
72
28
Tale izjava je cel smeh: "znanje je tudi tam nekje zadaj". Žal znanja ni, sicer ne bi bedarij spraševal.

Znanje pričakujem od tistih, ki ga imajo. Recimo od tebe. Ker iz tvojih prispevkov (da ne rečem smejanja) bi se dalo razbrati, da ga imaš. Torej?

Citirana izjava je v smislu, da enostavno ni časa, da grem v vse podrobnosti. Ljudje z znanjem pa so te podrobnosti sposobni predstaviti na razumljiv in koncentriran način. Vsaj pričakoval bi to.

Preden gremo v brezmejno ciklanje; kaže, da v znanju virologije obstaja temeljna luknja. Kar se mene tiče, bi se rad prepričal ali je to res. Zame ni dovolj odgovor, da strokovnjaki že vedo kako in kaj. Sodeloval sem z dovolj njih (sicer ne z virologi, na mojo žalost), da mi je par stvari kristalno jasnih. Ena od njih je, da dobro vedo katera stran kruha je namazana.
 
  • Haha
Reactions: jest5